Met het oog op eventueel gewenst herhalings- of bevestigingsonderzoek moet het laboratorium alle monsters na de screening minimaal één week in de koelkast te bewaren. Toevoegen van conserveermiddelen is daarbij niet nodig. Mocht een langere bewaartermijn noodzakelijk worden geacht, dan kan het monster ingevroren (<-20°C) maximaal een jaar worden bewaard. Koelkast resp. diepvriezer moeten zich bevinden in een ruimte die voor onbevoegden niet toegankelijk is.
In gevallen waarin mogelijkerwijs een contra-expertise wordt verlangd, zal de aanvrager over het algemeen zelf het tweede monster, eveneens in de koelkast, bewaren. Ook in deze situatie moet de koelkast (en eventueel de diepvries, als een bewaartermijn langer dan een week noodzakelijk wordt geacht) zich bevinden in een ruimte die voor onbevoegden niet toegankelijk is.
Hoewel in geval van twijfel aan de uitslag van een screening een bevestigingsonderzoek de meeste zekerheid biedt, wordt in de praktijk – om praktische en financiële redenen – veelal in eerste instantie een herhalingsonderzoek (een herhaling van het onderzoek met dezelfde methode op een identiek tweede monster) aangevraagd. Uitgevoerd door hetzelfde laboratorium.
Om een identiek tweede monster te verkrijgen, moet het oorspronkelijke monster direct na de monstername over twee flesjes worden verdeeld. Wanneer geen tweede monster beschikbaar is, zal in voorkomende gevallen het herhalingsonderzoek moeten worden uitgevoerd op het monster dat het uitgangsmateriaal leverde voor de oorspronkelijke analyse.
Omdat geen enkele analysetechniek op zichzelf 100% zekerheid biedt, bestaat er altijd kans op een ten onrechte (hetzij positief, hetzij als niet aantoonbaar) benoemde uitslag. Een analyse omvat strikt genomen twee fasen: een screening en een bevestigingsonderzoek. Of een dergelijk bevestigingsonderzoek daadwerkelijk plaatsvindt, hangt in de eerste plaats af van het doel van de analyse en de gevolgen die de uitslag voor de betrokkenen kan hebben. Daarnaast kan de uitslag van de screening een aanwezig geven of bevestiging in een bepaald geval zinvol is. Aangezien vooral ten onrechte als positief bestempelde screeningsresultaten ernstige gevolgen kunnen hebben voor de geteste persoon – maar ook voor het laboratorium – dient een laboratorium dat drugsonderzoek doet in elk geval de mogelijkheid te hebben om een positief screeningsresultaat te bevestigen. Bij voorkeur gebruikt men hiertoe GC-MS of LC-MS.
Inherent aan screeningsassays is de mogelijkheid dat kruisreactie optreedt met een andere stof. Hoe meer verwantschap in de moleculaire structuur tussen de te bepalen stof en een andere stof, hoe groter de kans dat de test een vals positief resultaat oplevert.